Aineistot

Biopankin aineistot

Helsingin Biopankin perusnäyte on 10 ml:n EDTA-verinäyte, joka prosessoidaan plasma-alieriksi ja valkosolufraktioalieriksi, jotka pakastetaan myöhempää käyttöä varten. Tämän lisäksi biopankkiin on talletettu mm. seerumia, virtsaa, likvoria, sylkeä (tulossa), tuorekudosnäytteitä ja formaliinikiinnitteisiä, parafiiniin valettuja kudosnäytteitä. Uusia näytelaatuja on harkinnan mukaan mahdollista ottaa valikoimiin.

Helsingin Biopankin näytekokoelmaan kuuluu:

  1. Noin miljoonan potilaan diagnostisia, formaliinikiinnitteisiä, parafiiniin valettuja kudosnäytteitä (FFPE) (kerätty vuosina 1982–2013), jotka on siirretty Helsingin Biopankkiin julkisella tiedonantomenettelyllä (katso lisää täältä)
  2. Helsinki Urological Biobank (HUB)-aineisto (kerätty vuosina 2012–2015), joka sisältää noin 2000 syöpäpotilaan näytteitä (plasma, seerumi, virtsa, tuorekudosnäytteitä (FF), FFPE-näytteitä sekä kattavasti kliinistä dataa (katso lisää täältä)
  3. Biopankkisuostumukseen pohjautuvia verinäytteitä yli 65 000 potilaalta, tuorekudosnäytteitä (FF) yli 1000 potilaalta ja nestebiopsianäytteitä (soluvapaata DNA:ta sisältävä plasma) yli 300 syöpäpotilaalta
  4. Helsingin Biopankin aineistossa ovat edustettuna kaikki tautiryhmät, mutta pääpaino on erikoissairaanhoidon potilaissa

-- hki_biopankki_kuvituskuva_03 (hki_biopankki_kuvituskuva_03.jpg)Biopankin näytteet kerätään, prosessoidaan ja säilytetään laadukkaasti

Helsingin Biopankkiin talletetut biologiset näytteet on kerätty ja prosessoitu laadukkaasti. Näytteenotto tapahtuu useimmiten akkreditoidussa laboratoriossa, tyypillisesti osana potilaiden diagnostista näytteenottoa. Potilaat tunnistetaan luotettavasti sairaalan osastoilla tai näytteenoton toimipisteissä. Näytteenottoon käytetään HUSin perusvalikoimassa olevia näyteputkia ja näytevolyymeja.

Nestemäiset näytteet prosessoidaan Helsingin Biopankin nestelaboratoriossa alieriksi käyttäen automaattisia nesteenkäsittelylaitteita ja laboratorion tiedonhallintaohjelmaa (LIMS). Näytteiden laadun varmistamiseksi näytteenoton ja käsittelyn eri vaiheet kellonaikoineen dokumentoidaan, näytteiden säilytyslämpötila valitaan kullekin näytetyypille sopivaksi (huoneenlämpö, -80°C, -180°C) ja säilytyslämpötilaa seurataan reaaliaikaisesti.